Doodsverlangen
HaverSchmidt was als klein kind al geobsedeerd door de dood. In de verhalenbundel Familie en kennissen is 'Wij gaan de heelen dag uit rijden' opgenomen. In dit verhaal maakt HaverSchmidt met de hele familie een rijtoer. Je zou verwachten dat hij als kind genoot van deze rit, maar HaverSchmidt hield zich bezig met de vraag wie van hen het eerst zal moeten sterven. Hij sprak daarbij in een gebed de wens uit dat hij toch maar als eerste zou mogen gaan:

als er dan toch spoedig een doodgaan moet, ik het maar zijn mag, of anders (want ik zie er toch, alles welbeschouwd, erg tegen op om bij de overigen weg te moeten) dan, en liever nog, als 't wezen kon... tante!  
(HaverSchmidt, 1973, p. 63)

Ook in het verhaal 'Leven en sterven van Jelle Gal' uit Winteravondvertellingen speelt de dood een rol. HaverSchmidt eindigt het verhaal met een hoofdstuk waarin de kat Jelle vermoord en begraven wordt.  De obsessie met de dood en HaverSchmidts zwarte kijk op het leven hingen misschien samen met een biologische aanleg. De familie van moeders kant leed onder buien van zwaarmoedigheid en depressie.

Strijd met de worgengel
Volgens Brouwers is HaverSchmidt niet de belangrijkste of invloedrijkste, maar wel de 'populairste' zelfmoordenaar in de Nederlandse literatuur (Brouwers, 1983, p. 40). Brouwers vindt het markant dat de enige zelfmoordenaar in HaverSchmidts oeuvre zich door ophanging van het leven heeft beroofd en niet op een andere manier (Brouwers, 1983, p. 92). HaverSchmidt dichtte namelijk al vele jaren voor zijn dood als zijn alter ego Piet Paaltjens over 'De zelfmoordenaar'. In het gedicht verhangt een man zich in het bos:

En meteen zocht zijn blik
Naar een eiketak, dik
Genoeg om zijn lichaam te torschen.
Daarna haalde hij een strop
Uit zijn zak, hing zich op,
En toen kon hij zich niet meer bemorsen.
(Mathijsen, 2003, p. 46)

Zelfmoord was voor HaverSchmidt een manier van sterven die hij beschreef als het 'zich blindelings werpen in de armen van de worgengel'. Hij stelde zich de dood voor als een worgengel, waaruit blijkt dat hij de dood associeerde met 'worging'. In een preek uit 1885 sprak HaverSchmidt openlijk over zelfmoord:

Hij, de worgengel, verstaat geen scherts. Wie hem spelend de hand reikt, die laat hij niet meer los, die sleept hij mede tegen wil en dank, om kon het zijn, in het eind hem neer te storten in een eigenwillig gedolven graf.
(Nieuwenhuys, 1994, p. 176) 

In andere preken en voordrachten maakte HaverSchmidt regelmatig toespelingen op de dood, zelfmoord en zijn eigen neerslachtige gemoedstoestand. Hij deed dit vaak door middel van beeldspraak waarvoor hij beelden uit de natuur gebruikte. Een voorbeeld hiervan staat in een preek uit de herfst van 1889, vier jaar voor zijn dood:

Soms is het overal nevel; het houdt niet op zachtjes en doordringend te motregenen. O, een orkaan met al zijn verwoestingen is zoo vreeselijk niet als die eentonige dagen en weken kunnen zijn, wanneer de schepping alle kleur mist en waar men zich heenwendt, het is alles even vochtig, guur, naargeestig. (Nieuwenhuys, 1994, p. 202)

Zelfmoord
Begin 1893 ging HaverSchmidt nog eenmaal naar Leiden 'op bedevaart' samen met zijn dochter Margot en zijn vriendin Jeanette Klein. Hij bezocht daar enkele oude vrienden en ging naar zijn voormalige woning aan de Hogewoerd. Daar zong hij uit volle borst het 'Iö Vivat', het is zijn 'zwanenzang'. Op deze wijze beschreef Dyserinck, in de eerste biografische schets van HaverSchmidt, Fr. HaverSchmidt (Piet Paaltjens), de laatste tocht naar Leiden (Dyserinck, 1908, p. 167). 

In de laatste maanden van 1893 ging het niet goed met HaverSchmidt, hij was depressief. Maar toen hij in december bij zijn vriend Dr. Kros logeerde beleefde hij een bijzonder moment. Hij schreef daarover op 3 december in een brief aan Jeanette Klein:

Vanmorgen werd ik om half zes of vijf uur wakker. Ik wist eerst niet hoe ik het had. Ik was volkomen gelukkig. Ik dacht aan al mijn bezwaren, maar ze bezwaarden mij niet, of zij schenen als het ware opgeruimd. Ik kon niet geloven dat ik waakte, maar een blik door de kamer overtuigde mij daarvan. Zo lag ik wel een paar uur te genieten van een vrede en een blijdschap die ik niet meer voor mij mogelijk achtte. Ik stond op als in verrukking en het eerste woord dat ik uitte was: 'ik ben gelukkig'. Spoedig ontbeet ik, tramde naar den Haag en ging ter kerk. Ik was wat vroeg en het koor zong enkele liederen vooraf. Daarop speelde het orgel en zachtjes daalde in mijn hart de onrust en de droefheid, waaraan ik voor enkele uren ontkomen was. Bij het uitgaan der kerk was ik bitter bedroefd. Ik moet nu niet denken aan de zalige morgen die ik doorleefde en die zo kort duurde. Alles was in orde. Misschien verbeeldde ik het mij en was het maar een wakende droom. Nu is het weer als altoos.
(Nieuwenhuys, 1994, p. 243)

Uiteindelijk pleegde HaverSchmidt zelfmoord, niet als wanhoopsdaad, maar na jarenlange strijd met zijn worgengel en 'uit langzaam gegroeide overwegingen' (Nieuwenhuys, 1981, p. 46). Op 19 januari 1894 verhing hij zich in Schiedam aan het gordijnkoord van zijn bedstede. HaverSchmidt was niet direct overleden, maar heeft nog gestreden. De naaister van de HaverSchmidts, mevrouw J. Donkhorst, schreef in een brief dat de tekenen van zijn doodsstrijd zichtbaar waren geweest:

er was een bedstede in dat huis en daar in heeft hij zijn laatste strijd gestreden de tekenen waren zichtbaar doordat hij met zijn schoenen aan het beschot heeft bekrast.
(Nieuwenhuys, 1981, p. 76)