Het zorgvuldig opslaan van digitaal materiaal in het e-Depot is feitelijk alleen een eerste stap. Het opgeslagen materiaal moet namelijk niet alleen bewaard worden, maar ook toegankelijk blijven, wat gezien de razendsnelle ontwikkelingen op ICT-gebied helemaal niet vanzelfsprekend is. Het permanent toegankelijk houden van digitaal materiaal wordt ook wel digitale duurzaamheid genoemd.
Als initiatiefnemer van het eerste elektronische depot ter wereld loopt de Koninklijke Bibliotheek voorop met onderzoek naar digitale duurzaamheid. In 2003 werd de afdeling Digitale Duurzaamheid opgericht. Deze heeft tot taak te zorgen dat de in het e-Depot opgeslagen objecten ook op de lange termijn bewaard blijven en geraadpleegd kunnen worden. Om dit te realiseren wordt onderzoek gedaan, wordt kennis uitgewisseld in diverse (inter)nationale netwerken en worden nieuwe diensten voor het e-Depot ontwikkeld.